تحكي قصة مسلسل الأغا الصغير عن عائلة صغيرة مكونة من أب وأم وطفل صغير، ولكن يعاني الطفل من مشكلة كبيرة في حياته وهي أن أمه وأبيه (على الرغم من أنهما يحبان بعضهما البعض) يتشاجران بشكل يومي دون توقف، مما أدى إلى تفاقم مشكلة الطفل وتدهور حالته النفسية دون أن يدري والداه أنه يعاني من تلك المشكلة والحل هو أن يتوقفان عن الشجار، ولكن الطفل يقرر أنه سيقوم بعمل أي شيء لايقاف الشجار بين والديه وهنا تكمن الكوميديا والمتعة في هذا المسلسل الرائع.