تدور أحداث الفيلم في إطار من الحركة والإثارة والكوميديا. يسافر الأبطال الأربعة عبر الزمن، ويعودون إلى زمن الساموراي الأسطوري المميت. تواجه سلاحف النينجا العديد من التحديات في اليابان القديمة، ويتدربون بكل جدية ليتقنوا فن الساموراي المعقد. تتوالى الأحداث، وتساهم السلاحف في دعم قرية صغيرة في أثناء قيامها بالثورة على الظلم.