Tatlumpung taon pagkatapos ng kanilang sikat na palabas sa telebisyon, ang mga chipmunks na sina Chip at Dale ay namumuhay ng ibang-iba. Kapag ang isang miyembro ng cast mula sa orihinal na serye ay misteryosong nawala, ang pares ay dapat muling magsama-sama upang iligtas ang kanilang kaibigan.