Nang matuklasan ng Puss in Boots na ang kanyang hilig sa pakikipagsapalaran ay nagdulot ng pinsala at nasunog niya ang walo sa kanyang siyam na buhay, naglunsad siya ng isang epikong paglalakbay upang maibalik ang mga ito sa pamamagitan ng paghahanap ng gawa-gawa na Last Wish.