Isang ordinaryong batang lalaki na nagngangalang Nemo ang iniligtas ng isang batang babae na nagngangalang Faria mula sa mga puwersa ng pagkawasak. Sa kasunod na labanan, ipinatawag ni Nemo ang kapangyarihan ng isang bayani at naging kahalili at sa gayon ay isang epikong paglalakbay kung saan nagsimula ang pagbangga ng nakaraan at kasalukuyan.