Muling nagsasama sina Sonic, Knuckles, at Tails laban sa isang makapangyarihang bagong kalaban, si Shadow, isang misteryosong kontrabida na may mga kapangyarihan na hindi katulad ng anumang nakaharap nila noon. Dahil ang kanilang mga kakayahan ay hindi tugma, ang Team Sonic ay dapat maghanap ng isang hindi malamang na alyansa.