दो एफ़बीआई एजेंट, फ़ॉक्स मूल्डर और दाना स्कली, अजीब और अस्पष्टीकृत घटनाओं की जांच करते हैं, जबकि छिपे हुए कुछ शक्तियां उनके प्रयासों को बाधित करने का प्रयास करते हैं.