Dalam seri ini, banyak dunia legendaris tiba-tiba bergabung menjadi satu, tapi persatuan mereka tidak stabil. Master Ninja Spinjitzu harus melatih generasi pahlawan baru untuk membantu menemukan Naga Elemental yang dapat menyelamatkan planet sebelum kekuatan kejahatan menggunakan energi naga yang sama untuk menghancurkan dunia baru ini.