Dalam seri, banyak alam legendaris tiba-tiba digabungkan menjadi satu, tetapi persatuan mereka tidak stabil. Seorang Master Ninja Spinjitzu harus melatih generasi pahlawan baru untuk membantu menemukan Naga Elemental yang dapat menyelamatkan planet ini sebelum kekuatan kejahatan menggunakan energi naga yang sama untuk menghancurkan dunia baru ini.