Cerita dimulai dengan menunjukkan apa itu pemain dan menunjukkan bagaimana Kouga dan Jin berteman ketika mereka masih muda dari cerita itu membuat lompatan ke depan tepat waktu dan mengikuti 2 karakter utama - Jin Kanzaki, seorang pemuda dengan kemampuan untuk berubah menjadi manusia super yang dikenal sebagai ZET, dan Kouga Amagi, seorang pemuda dengan rasa keadilan yang kuat yang menggunakan teknologi untuk bertarung sebagai ALPHAS